Pramuka JSIT (Jaringan Sekolah Islam Terpadu) memiliki karakter khas. Sebagai bagian dari lembaga pendidikan yang menyelenggarakan pendidikan Islam, nuansa agama Islam terimplementasi dalam segala aspeknya. Kegiatan pramuka salah satunya, dengannya diharapkan siswa memiliki kemandirian dan berjiwa sosial kuat.
Dalam ajaran agama Islam kemandirian memang sudah semestinya ditanamkan sejak dini. Agar jika sudah mencapai usia baligh nanti, generasi islam sudah terbiasa hidup mandiri. Karena jika sudah baligh setiap muslim akan mendapatkan beban (taklif), Allah SWT berfirman :
“Allah SWT tidak akan membebani seseorang kecuali sesuai kemampuannya. Dia mendapatkan pahala dari kebajikan yang dikerjakannya dan mendapatkan siksa dari kejahatan yang dilakukannya. Mereka berdoa, Ya Tuhan kami janganlah engkau hukum kami jika kami lupa atau kami melakukan kesalahan. Ya Tuhan kami janganlah Engkau bebani kami dengan beban yang berat sebagaimana Engkau bebankan kepada kaum sebelum kami. Ya Tuhan kami janganlah Engkau pikulkan kepada kami apa yang tidak sanggup kami memikulnya. Maafkanlah kami, ampunilah kami dan rahmatilah kami. Engkaulah pelindung kami, maka tolonglah kami menghadapi orang-orang kafir”. (TQS Al-Baqoroh 286).
Selain itu seorang muslim sebaiknya memiliki jiwa sosial yang kuat. Hidup di masyarakat dengan baik, tidak merugikan orang lain serta senantiasa bermanfaat. Hal tersebut sebagaimana pesan Nabi Muhammad SAW bahwa sebaik-baik manusia adalah yang bermanfaat kepada sesamanya.

Meskipun pramuka secara umum telah memiliki sebuah tujuan, namun dengan ciri khas Pramuka JSIT diharapkan dapat lebih menguatkan ruh keislaman dalam diri mereka. Sehingga mereka akan menjadi pribadi muslim seperti yang diharapkan.
Agenda pramuka di Sekolah Insan Utama Malinau dilaksanakan setiap hari jum’at sore. Baik untuk jenjang anak-anak sekolah dasar ataupun sekolah menengah pertama. Hingga saat ini agenda rutin diadakan dengan penuh antusias dari siswa. Terlebih dengan pendampingan yang dilakukan oleh pembina yang ramah dan cakap.